Відомостей про точний час заснування Ржищівського Спасо-Преображенського монастиря немає. Відомо лише про те, що він був розорений під час татарської навали. У XV столітті він уже був діючим чоловічим монастирем.
У ХV-ХVІ століттях Ржищівський Преображенський монастир згадується поряд зі знаменитими київськими обителями, заснованими ще в епоху Хрещення Русі.
Набіги кримських татар на Київщину наприкінці XVI – початку XVII століття мали трагічні наслідки: монастир був спустошений і зруйнований. Тривалий час Ржищівський Преображенський монастир стояв порожнім.
У 1649 році Вороничі, власники Ржищева з округою, у зв’язку з початком відродження Ржищівського монастиря, підтверджують його володіння, що складалися із села Балики з усіма угіддями (полями, лісами, лугами, пасіками). У грамоті 1649 року говориться також, що засновниками Ржищівського Преображенського монастиря були предки Вороничів.
У період Руїни Ржищівський монастир був удруге розорений. Тому Його Преосвященство Гедеон-Святополк Четвертинский, митрополит Київський і Галицький (у 1687 р.), гетьман Іван Мазепа (у 1687 і 1692 роках) і гетьман Іван Скоропадський (у 1709 р.), бажаючи сприяти відродженню Ржищівської обителі, підтверджують володіння цього монастиря.
Після повернення Київщини полякам, Ржищівський монастир зазнав багато утисків. Засновники монастиря Вороничі, що перейшли в католицтво, заснували в XVIII столітті у Ржищеві католицький тринидатський монастир, на користь якого відібрали в православного Преображенського монастиря всі його володіння. Це стало причиною його поступового занепаду.
У XIX столітті Ржищівський Преображенський монастир був найбіднішим у Київській єпархії. У 1852 році він був перетворений із чоловічого в жіночий. Це сталося завдяки першій його ігумені Юлії (Янохтовій), що походила з роду московських дворян. Вона пожертвувала на облаштування монастиря весь свій маєток, і Ржищівський Преображенський монастир почав відроджуватися.
У 1920-ті роки монастир був розорений, хоча, як згадують місцеві старожили, черниці й послушниці ще в 30-ті роки жили в ньому. Останнім збереженим документом монастиря, який датований 1924 роком, є список прийнятих у монастир послушниць.
Спочатку в Ржищівському монастирі була лише одна церква із престолом на честь Преображення Господнього. У XVIII столітті храм цей був настільки бідний, що мав солом’яний дах. Заново побудований був цей храм завдяки клопотанням ктитора цього монастиря стольника Симеона Головинського.
Під час подорожі по Дніпру, імператриця Катерина II відвідала Преображенський монастир і пожертвувала йому 50 червінців. Ігумен обителі Гервасій на це пожертвування 2 вересня 1787 року започаткував будівництво церкви в ім’я святих великомучениць Варвари й Катерини, і 24 листопада 1788 року ця церква була освячена.
Близько 1910 року при покоях ігумені була збудована домова церква в ім’я Всіх Святих.
Перед скасуванням Ржищівського чоловічого монастиря в ньому було біля 30-ти ченців. У жіночому монастирі при ігумені Юлії налічувалося 60 насельниць. У 1908 році – 70 черниць і 213 послушниць.
При ігумені Юлії був запроваджений суворий порядок чернечого життя, якого неухильно дотримувалися аж до зруйнування монастиря в радянський час.
До 1917 року монастир володів 34 десятинами орної землі й 20 десятинами невгідь. Були у монастирському володінні також ділянки лісу.
Розташований на мальовничій горбистій місцевості над Дніпром, Ржищівський Преображенський монастир на початку ХХ століття приваблював численних прочан. Особливо популярним було богомілля в монастирі серед киян, які відвідували його у вихідні дні.